La última versión del programa que se hizo, compuesta por contenedores Blobs y Queues, funcionó correctamente en el equipo local (con Windows Vista 32 bits), devolviendo todas las clases generadas a partir de nuestro "MasterModel" enviado por el cliente.
Al intentar publicar la aplicación en los servidores de Windows Azure, este devolvía el siguiente error: "Could not load file or assembly 'Microsoft.VisualStudio.Modeling.Sdk.Diagrams.GraphObject' or one of its dependencies. An attempt was made to load a program with an incorrect format"
Publicamos un hilo en el foro de microsoft al no encontrar nada al respecto.
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/es-ES/vsx/thread/176e14b3-61af-4036-9caf-5fb201868204
En este tema, en resumen, explica que las maquinas donde está alojado Azure son de 64bits, y aunque acepta ensamblados de 32 bits en las aplicaciones que se publican, solo pueden estructurase de una forma específica. En definitiva sugieren que se pruebe la aplicación en equipos locales con un sistema operativo de 64 bits, el entorno más parecido al que existe en el Cloud de microsoft.
Conseguimos entonces, remodelando toda nuestra solución quitando los storages de Azure, hacer funcionar el programa dentro de Azure siguiendo las instrucciones de este magnifico Blog: